Cara Mendapatkan ChemPup

masuk ke situs http://chemtoolbox.com
web penyedia chempup itu di http://chemtoolbox.com/index.php/about-chemtoolboxcom.html

register terlebih dahulu

Linux Live USB Creator

Linux Live USB Creator

Keuntungan menggunakan Ubuntu adalah kita dapat mengoperasikannya tanpa  menginstal pada PC kita. Sistem inibiasanya disebut sistem Live, LiveCD atau LiveUSB .Kita dapat menggunakannya pada setiap PC yang kompatibel danyang lebih diinginkan adalah bahwa kita dapat mengakses file pada PC. Untuk mencoba Ubuntu melalui CD atau flashdisc, kita harus memiliki CD Linux atau kita harus membuat flashdisc kita menjadi bootable Linux. Pada posting ini, saya ingin berbagi tentang sebuah program yang dapat membantu kita membuatflashdisc anda menjadi bootable Linux.Program software ini adalah LiLi, atau Linux Live USB Creator.

 Langkah membuat Bootable Linux dari USB flashdisk

• ·         siapkan Flashdisk dengan kapasitas minimal 1GB.pindahkan semua data dan format flashdisk untuk memastikan agar benar-benar kosong

• ·         download linux live usb di http://www.linuxliveusb.com/

• ·         lalu instal linux live.exe yang telah di download ke dalam komputer

• ·         Pilih lokasi server whiches dekat dengan lokasi file yang berisi ISO distro Linux,untuk membuat proses download lebih cepat.

Buka program Linux Live USB Creator

STEP 1: CHOOSE YOUR KEY

• ·         pilih flashdisc drive

STEP 2: CHOOSE A SOURCE

• ·         Pilih ISO/IMG/ZIP icon.

ISO/IMG/ZIP

• ·         pilih ISO file yang telah di download. LiLi USB Creator akan mengkoreksi ISO file jika terjadi kesalahan

Memeriksa file

STEP 3: PRESISTENCE

Presistence akan membuat media penyimpanan virtual pada flashdisc Anda. Fungsinya adalah untuk menyimpan file ketika menggunakan LiveUSB. Tentu saja presistence ini juga perlu lebih banyak ruang di flashdisc

STEP 4: OPTIONS

• ·         Beri tanda checklist pada "Hide created files on key" and "Format the key in FAT32". Dan  pada opsi terakhir "Enable Launching LinuxLive in Windows"tidak di checklist

Beri tanda checklist pada pilihan yang pertama dan kedua

STEP 5: CREATE

• ·         Klik gambar petir untuk memulai proses. LiLi USB Creator akan memberi peringatan jika terjadi kesalahan

• ·         Setelah selesai menginstall,restart PC atau laptop untuk mengubah boot utama ke USB drive atau CD. Jika tidak mengubahnya, maka akan kembali lagi ke Windows. Untuk masuk ke menu boot, tekan F2, F5, atau F9, tergantung pada PC atau laptop. Proses ini akan memakan waktu sekitar 10-15 menit.

• ·         Setelah muncul Ubuntu Linux maka siap untuk dioperasikan

Sumber: http://irmalatifi.blogspot.com/2011/12/mencoba-linux-di-windows-dengan-linux.html

Software kimia untuk Linux dan Windows

Berikut adalah beberapa aplikasi yang bisa digunakan untuk mendukung pembelajaran kimia. Diberikan sedikit paparan dan tautan untuk menuju sumber utamanya sehingga bisa di-download di komputer. Banyaknya aplikasi visualisasi molekul ini tentu menjadikan kita punya banyak pilihan disesuaikan dengan kenyamanan masing-masing pengguna.

• JMol (Platform : Windows, Linux, Mac)
Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasifile multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.

• ACD/ChemSketch Freeware (Platform : Windows, Linux)
Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll.  Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.

• Molegro Molecular Viewer (Platform: Windows, Linux, dan Mac OS X)

Sumber http://ahsystemsgroup.com
Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul danbackbone.

Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB

Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB

.

Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya darielchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.

• Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)

Sumber http://blog.goo.ne.jp/
Kedua aplikasi ini gratis (no fee) siapapun boleh mengunduhnya dan memakainya secara cuma-cuma. Sebelum mengunduhnya diharuskan melakukan registrasi dengan mengisikan beberapa data yang empunya situs perlukan. Sayang untuk platform linux belum tersedia jadi mesti menggunakan Wine agar bisa menjalankannya di linux. Kedua software ini saling melengkapi sehingga kita bisa memanfaatkannya dalam program pengajaran di kelas untuk mata pelajaran kimia.
Symyx Chime versi 2.6 SP8 berformat zip berukuran 3,9 MB. Chime merupakan plug-in yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua dimensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, dan menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.
Symyx Draw versi 3.3 berukuran cukup besar dalam format zip (66 MB). Dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat ke dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.
• Kalzium (Platform: Linux)
Kalzium adalah nama sebuah software (open source software - OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodikTentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux, gratis dan halal. Silahkan pilih distro yang disukai.

• MarvinSketch (Platform: Windows, Linux, MacOS)
Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari MarvinSketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia

Terms Related to Computational Chemistry

1. Ab initio: computational chemistry methods based on quantum chemistry
2. Born-Oppenheimer approximation: an assumption that the electronic motion and the nuclear motion in molecules can be separated
3. Cheminformatics: the use of computer and informational techniques, applied to a range of problems in the field of chemistry
4. Comparative molecular field analysis (CoMFA): a 3D QSAR technique based on data from known active molecules
5. Computational chemistry: a branch of chemistry that uses principles of computer science to assist in solving chemical problems
6. Computer science: the study of the theoretical foundations of information and computation. It also includes practical techniques for their implementation and application in computer systems
7. Density functional theory (DFT): quantum mechanical modelling method used in physics and chemistry to investigate the electronic structure of many-body systems
8. Hartree-Fock: an approximate method for the determination of the ground-state wave function and ground-state energy of a quantum many-body system
9. Hybrid functional: a class of approximations to the exchange-correlation energy functional in density functional theory that incorporate a portion of exact exchange from Hartree-Fock theory with exchange and correlation from other sources
10. Linear combination of atomic orbitals (LCAO): a quantum superposition of atomic orbitals and a technique for calculating molecular orbitals
11. Molecular dynamics: a computer simulation of physical movements of atoms and molecules
12. Molecular mechanics: an empirical method used to state potential energy from molecules as a function of geometric variable
13. Molecular modelling: all theoretical methods and computational techniques used to model or mimic the behaviour of molecules
14. Monte Carlo: a class of computational algorithms that rely on repeated random sampling to compute their results
15. Mulliken population analysis: estimating partial atomic charges from calculations carried out by the methods of computational chemistry
16. Quantitative structure-activity relationship (QSAR): the process by which chemical structure is quantitatively correlated with a well defined process, such as chemical reactivity
17. Post-Hartree-Fock: the set of methods developed to improve on the Hartree-Fock, or self-consistent field method
18. Quantum chemistry composite: computational chemistry methods that aim for high accuracy by combining the results of several calculations
19. Slater-type orbitals: functions used as atomic orbitals in the linear combination of atomic orbitals molecular orbital method
20. Statistic mechanics: the mathematical way to extrapolate the thermodinamic character of materials relatively

sumber: http://wandasepta.blogspot.com/2011/12/terms-related-to-computational.html

ChemTool

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya.

 

Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.

Kalau berminat (meskipun tidak begitu penting) silahkan unduh dari sini (file xlsx) 13,5 KB.

Saya kira file ini akan dikembangkan lebih lanjut, sebab sudah banyak yang menggunakan spreadsheet untuk digunakan dalam pengajaran kimia seperti yang ditulis di blog ini:Mengembangkan Simulasi Matematika untuk Kimia dengan Excel.

Sumber: http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chemtool-pengkonversi-mol-dan-massa-zat-dari-chempup/

HyperChem

Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.

Hyperchem, merupakan tools dasar dalam molecular modeling. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll.

HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:

1.      Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.

2.      Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.

3.      Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)

4.      Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.

5.      Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.

6.      Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.

Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.

7.      Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.

8.      Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.

9.      Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.

Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).

sumber : http://urip.wordpress.com , http://www.faikshare.com ,  Harno D Prawono (Kimia komputasi) dan adesuherman09.student.ipb.ac.id

ChemOffice

ChemOffice

ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.

Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.

ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word. 

ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.

sumber : http://faijalchemistry.blogspot.com